天守阁

熊本城天守阁的特征，为最上层的凸窗上带有「唐破风」的曲线装饰，以及下层带有「千鸟破风」的翘曲美丽装饰的建筑风格。房间名称以「御铁炮御间」、「御具足之御间」、「御矢之御间」等战斗道具命名，江户时代更收纳了武器等。小天守的石垣上更有称为武者返的铁串，为防止敌人侵入等，在细节位有设置作战用的陷阱。寻找这些细节位，也是享受熊本城的一种方式。

在平成28年的熊本地震，最高层的瓦砾与鯱瓦，地下室石坦崩塌的灾害。 现在则融合了预防地震的最新技术与传统技法，作为震灾复兴的象征进行着修复工程。

有关特别开放

本丸御殿大广间「昭君之间」

华丽的大名文化气氛飘扬的本丸御殿大广间中，有最高排场的是「昭君之间」。拥有勾型上层的此房间之墙壁，由狩野派的绘师描绘出中国前汉元帝之时代悲剧的美女「王昭君」的故事，在天井则画上了四季不同的植物。

闇之通路

本丸御殿的地下有名为闇之通路，以石垣建成的地下通路。地下通路更是日本全国御殿中破格的设计，通往御殿的正式入口也设置地下内。这也是其中一个了解熊本城防卫的精彩之处。

地图石

地图石为数寄屋丸的一块以铺地石在地下或侧面，制造了可阶的半地下空间。在熊本城的点景石设计中也为特殊，以「铺地石堆积」的方法进行了建筑。将平滑的石不留一点空隙堆积，使地面看起来像地图，而被称为地图石。在1769年画的绘画，则记载为「御待合入口」。「御待合」是指在茶会时客人等待的地方，地图石是为了向参加茶会的来宾提供视觉上的娱乐而制成的装饰。

饭田丸五阶橹

熊本城本丸的曲轮如小城般的独立设计也是其特征之一。在此饭田丸中进行最重要作用的，就是位于饭田丸南西一角的饭田丸五阶橹。于平城17（2005）年经木造加以复原。

在平成28年的熊本地震，部分石垣崩落，仅凭角石支撑着橹，而被称为「奇迹的一本石垣」。

不开门

为熊本城内唯一留下的橹门，被指定为国家重要文化遗产之一。因位于鬼门北东，大门常关，故称为不开门。

在平成28年的熊本地震，周围的石垣崩落，橹部分更倒坏。

长塀

面向坪井川，在石垣上全长242m的长塀，是国家指定的重要文化财产。在江户时代的绘画上描绘了10处的射箭口。在西南战争时虽被暂时撤去，但之后得以复原。

在平成28年的熊本地震，发生长塀的东边80m倒坏的灾害。

西大手门

在３个大手门中，被选为正门的为西大手门。流传在寛永9（1632）年，入国肥后的细川忠利（1586年-1641年）就是在此门前从交通工具下来，为感谢拜领肥后54万石而深深低头道谢。

虽然现在的西大门于平成16（2004）年复原，但在平成28年的熊本地震，发生了令基础的石垣崩塌，而令到橹门倾斜的灾害。

监物橹（新堀橹）

监物橹是与北熊本城的入口之新堀御门一起，制压了通过街道的平橹，为国家指定重要文化财产。

在平成28年的熊本地震，受到了内外墙壁破损的灾害。

二之丸广场

位于西熊本城本丸的二之丸，是在江户时代并列建设了上级家臣的屋舍的地方。在宝历5（1754）年，６代藩主的细川重贤开办了藩校时习馆，不单是藩土的子弟，只要是成绩优秀者，庶民也获批准入学。时习馆更辈出了幕末的思想家横井小楠、担任明治天皇侍讲的元田永孚、起草大日本帝国宪法的井上毅等众多的优秀人才。