天守閣

熊本城天守閣的特徵，為最上層的凸窗上帶有「唐破風」的曲線裝飾，以及下層帶有「千鳥破風」的翹曲美麗裝飾的建築風格。房間名稱以「御鐵砲御間」、「御具足之御間」、「御矢之御間」等戰鬥道具命名，江戶時代更收納了武器等。小天守的石垣上更有稱為武者返的鐵串，為防止敵人侵入等，在細節位有設置作戰用的陷阱。尋找這些細節位，也是享受熊本城的一種方式。

在平成28年的熊本地震，最高層的瓦礫與鯱瓦，地下室石坦崩塌的災害。
現在則融合了預防地震的最新技術與傳統技法，作為震災復興的象徵進行著修復工程。

有關特別開放

本丸御殿大廣間「昭君之間」

華麗的大名文化氣氛飄揚的本丸御殿大廣間中，有最高排場的是「昭君之間」。擁有勾型上層的此房間之牆壁，由狩野派的繪師描繪出中國前漢元帝之時代悲劇的美女「王昭君」的故事，在天井則畫上了四季不同的植物。

闇之通路

本丸御殿的地下有名為闇之通路，以石垣建成的地下通路。地下通路更是日本全國御殿中破格的設計，通往御殿的正式入口也設置地下內。這也是其中一個了解熊本城防衛的精彩之處。

宇土櫓

設置於本丸西北方的宇土櫓，是唯一保留著築城當時姿態的多重櫓。3重5層地下1層的設計與匹敵天守的規模與構造，故同時被稱為「第三天守」。直到明治初期還存在著4棟五階櫓，現在卻只剩下宇土櫓。宇土櫓的名稱，傳聞是由於曾是宇土城主的小西幸長（1555年-1600年）的舊家臣置身於此櫓附近而命名，但是否史實則不能確定。

在平成28年的熊本地震，宇土櫓南邊的續櫓倒壞。

地圖石

地圖石為數寄屋丸的一塊以鋪地石在地下或側面，製造了可階的半地下空間。在熊本城的點景石設計中也為特殊，以「鋪地石堆積」的方法進行了建築。將平滑的石不留一點空隙堆積，使地面看起來像地圖，而被稱為地圖石。在1769年畫的繪畫，則記載為「御待合入口」。「御待合」是指在茶會時客人等待的地方，地圖石是為了向參加茶會的來賓提供視覺上的娛樂而製成的裝飾。

飯田丸五階櫓

熊本城本丸的曲輪如小城般的獨立設計也是其特徵之一。在此飯田丸中進行最重要作用的，就是位於飯田丸南西一角的飯田丸五階櫓。於平城17（2005）年經木造加以復原。

在平成28年的熊本地震，部分石垣崩落，僅憑角石支撐著櫓，而被稱為「奇蹟的一本石垣」。

不開門

為熊本城內唯一留下的櫓門，被指定為國家重要文化遺產之一。因位於鬼門北東，大門常關，故稱為不開門。

在平成28年的熊本地震，周圍的石垣崩落，櫓部分更倒壞。

長塀

面向坪井川，在石垣上全長242m的長塀，是國家指定的重要文化財產。在江戶時代的繪畫上描繪了10處的射箭口。在西南戰爭時雖被暫時撤去，但之後得以復原。

在平成28年的熊本地震，發生長塀的東邊80m倒壞的災害。

西大手門

在３個大手門中，被選為正門的為西大手門。流傳在寛永9（1632）年，入國肥後的細川忠利（1586年-1641年）就是在此門前從交通工具下來，為感謝拜領肥後54萬石而深深低頭道謝。

雖然現在的西大門於平成16（2004）年復原，但在平成28年的熊本地震，發生了令基礎的石垣崩塌，而令到櫓門傾斜的災害。

監物櫓（新堀櫓）

監物櫓是與北熊本城的入口之新堀御門一起，制壓了通過街道的平櫓，為國家指定重要文化財產。

在平成28年的熊本地震，受到了內外牆壁破損的災害。

二之丸廣場

位於西熊本城本丸的二之丸，是在江戶時代並列建設了上級家臣的屋舍的地方。在寶曆5（1754）年，６代藩主的細川重賢開辦了藩校時習館，不單是藩土的子弟，只要是成績優秀者，庶民也獲批准入學。時習館更輩出了幕末的思想家橫井小楠、擔任明治天皇侍講的元田永孚、起草大日本帝國憲法的井上毅等眾多的優秀人才。