天守閣

熊本城の天守閣の特徴は、四面に配した千鳥破風（ちどりはふ）と最上階の南北につくられた唐破風（からはふ）と呼ばれる建築様式です。「御鉄砲御間」や「御具足之御間」、「御矢之御間」など戦いの道具にちなんだ部屋名がつけられており、江戸時代には武具などが納められていました。小天守の石垣の上には忍び返し（しのびがえし）と呼ばれる敵の侵入を防ぐ鉄串が設置されるなど、細かなところに戦に備えた仕掛けがありました。それらを探して見るのも、熊本城の楽しみ方のひとつです。

本丸御殿大広間「昭君之間」

華やかな大名文化の雰囲気が漂う本丸御殿大広間のなかでも最も格式が高いのが「昭君之間」です。鉤型の上段を持つこの部屋の壁には、狩野派の絵師によって中国前漢の元帝の時代の悲劇の美女「王昭君」の故事が描かれ、天井には四季折々の植物が描かれていました。

闇（くらが）り通路

本丸御殿の床下には闇り通路（くらがりつうろ）と呼んでいる石垣でできた地下通路があります。地下通路は、日本全国の御殿建築のなかでも異例のもので、御殿への正式な入口も地下にあります。熊本城の防衛を知る見どころのひとつでもあります。

宇土櫓

本丸の西北側にある宇土櫓（うとやぐら）は、築城当時の姿を保っている唯一の多重櫓です。3重5階地下1階のつくりで天守に匹敵する規模と構造のため、「第三の天守」とも呼ばれます。明治のはじめ頃までは、他にも４棟の五階櫓（ごかいやぐら）がありましたが、現在は宇土櫓だけが残っています。宇土櫓という名は、宇土城主だった小西行長（こにしゆきなが・1555年-1600年）の旧家臣をこの櫓の近くに置いたことにより、名づけられたという説がありますが定かではありません

平成２８年熊本地震では、宇土櫓南側の続櫓（つづきやぐら）が倒壊する被害がありました。

地図石

地図石とは、数寄屋丸の一画にある切石によって床面や側面、石段を造った半地下の空間です。熊本城の石組みのなかでも特殊な、「切石積み」と呼ばれる方法で築かれています。平滑にした石をすき間なく組み合わせ、床面は地図のようにも見えるということから、地図石（ちずいし）と呼ばれています。1769年頃に描かれた絵図には、「御待合入口」と記されています。「御待合」とは茶会の客が待機する場所で、地図石は茶会に集まる人々の目を楽しませる趣向でした。

飯田丸五階櫓

熊本城の本丸の曲輪（くるわ）は小さな城のように独立したつくりであることも特徴です。この飯田丸で重要な役割を果たすのが、飯田丸の南西隅にある飯田丸五階櫓（ごかいやぐら）。平成17（2005）年に木造で復元されました。

平成28年熊本地震では、石垣の一部が崩落し、隅石（すみいし）で櫓を支えていたことから「奇跡の一本石垣」と呼ばれていました。

不開門

熊本城内で唯一残る櫓門で、国指定重要文化財のひとつです。鬼門とされる北東に位置し、門扉はかつて常に閉ざされていたため、不開門（あかずのもん）と呼ばれています。

平成28年熊本地震では、周囲の石垣が崩れて櫓部分が倒壊する被害がありました。

長塀

坪井川に面した石垣上に直線で242ｍの長さをもつ長塀は、国指定重要文化財です。江戸時代の絵図には10ヶ所の石落しが描かれています。西南戦争の頃に一時撤去されましたが、その後復旧されました。

平成28年熊本地震により、長塀のうち東側80ｍが倒壊する被害がありましたが、令和3（2021）年に復旧が完了しました。

西大手門

３つの大手門のうち正門とされたのが西大手門（にしおおてもん）です。寛永9（1632）年、肥後へ入国した細川忠利（ほそかわただとし・1586年-1641年）はこの門の前で乗物を降り、肥後54万石を拝領したことへの感謝をこめて深々と頭を下げたといいます。

現在の西大手門は平成16（2004）年に復元されたものですが、平成28年熊本地震により、土台の石垣が崩落し、櫓門が傾くなどの被害がありました。

監物櫓（新堀櫓）

監物櫓（けんもつやぐら）は、熊本城の北の入口となる新堀御門とともに通過する街道を制圧していた平櫓で、国指定重要文化財となっています。

平成28年熊本地震により、内外壁の破損などの被害がありました。

二の丸広場

熊本城本丸の西に位置する二の丸は、江戸時代を通じて上級家臣の屋敷が建ち並んでいた場所です。宝暦５（1754）年には、６代藩主細川重賢（ほそかわしげかた）が藩校時習館（じしゅうかん）を開校し、藩士の子弟だけでなく、成績優秀であれば庶民も入学が許されました。時習館は、幕末の思想家横井小楠（よこいしょうなん）や、明治天皇の侍講（じこう）を務めた元田永孚（もとだながざね）、大日本帝国憲法の起草にあたった井上毅（いのうえこわし）など、多くの優秀な人材を輩出しました。